- Cardiovasculares: Bloqueio atrioventricular, bradicardia, insuficiência cardíaca, hipertensão, hipotensão, taquicardia supraventricular 
- Sistema nervoso central: Sonolência, reação distônica, lassidão, inquietação,  fadiga, cefaleia, tontura, sonolência, acatisia, confusão, depressão, doença de Parkinson induzida por drogas, alucinação, insônia, síndrome neuroléptica maligna, convulsão, ideação suicida, discinesia tardia 
- Dermatológico: erupção cutânea, urticária 
- Endócrino e metabólico: amenorréia, retenção de líquidos, galactorreia, ginecomastia, hiperprolactinemia, porfiria 
- Gastrintestinais: Náuseas, vômitos, diarreia 
- Geniturinário: impotência, frequência urinária, incontinência urinária 
- Hematológico e oncológico: Agranulocitose, leucopenia, metemoglobinemia, neutropenia, sulfemoglobinemia 
- Hepática: Hepatotoxicidade  
- Hipersensibilidade: Angioedema, reação de hipersensibilidade 
- Neuromusculares e esqueléticas: Laringoespasmo  
- Oftálmico: distúrbio visual 
- Respiratório: Broncoespasmo, edema de laringe  
- Podem ocorrer sintomas extrapiramidais, particularmente em crianças e adultos jovens e/ou quando são administradas altas doses;  
- O tratamento não deve exceder 3 meses devido ao risco de discinesia tardia, especialmente em idosos;  
- A metoclopramida não é recomendada em pacientes epiléticos, visto que as benzamidas podem diminuir o limiar epiléptico;  
- Em pacientes com deficiência hepática ou renal é recomendada diminuição da dose;  
- Como com neurolépticos, pode ocorrer Síndrome Neuroléptica Maligna (SNM) caracterizada por hipertermia, distúrbios extrapiramidais, instabilidade nervosa autonômica e elevação de CPK;  
- Pode ocorrer metemoglobinemia, relacionada a deficiência na NADH citocromo-b5 redutase;  
- A metoclopramida pode induzir Torsade de Pointes, portanto, recomenda-se cautela em pacientes que apresentam fatores de risco conhecidos para prolongamento do intervalo QT;